Đối với những doanh nghiệp lớn có nhiều chi nhánh hạch toán phụ thuộc, mỗi chi nhánh lại có một mã số thuế khác nhau. Hiện nay, người dùng cho phép toàn công ty chỉ cần sử dụng một tài khoản eSign với nhiều mã số thuế để thực hiện ký và phát hành hóa đơn điện tử. Kế toán khi sử dụng tài khoản eSign thì có sự phân biệt khi đăng nhập để có thể biết được sử dụng chữ ký số nào để ký do một tài khoản eSign có thể sở hữu nhiều chứng thư số.

Từ phiên bản R46.1:

• Khi kết nối chữ ký số eSign thì cần xác định xem kết nối với mã số thuế nào và lưu lại thông tin kết nối đó. Nếu các chi nhánh có cũng mã số thuế thì chỉ cần một kế toán kết nối với 1 chi nhánh thì các chi nhánh khác đều có thể sử dụng chữ ký eSign nếu cùng người dùng.
• Cho phép kế toán lựa chọn có cần phải xác thực lại mã pin cho mỗi lần phát hành hóa đơn điện tử hoặc ký trên các tờ khai thuê hay không để đảm bảo độ bảo mật của tùy từng công ty. Nếu kế toán có thiết lập xác thực khi thực hiện chức năng phát hành hóa đơn/ký tờ khai thuế thì phải bật thông báo và yêu cầu kế toán nhập mã pin rồi mới cho hoàn thành tính năng.

Cách thực hiện trên phần mềm:
1. Nhập mã số thuế trên danh mục cơ cấu tổ chức:

• Vào Danh mục\Cơ cấu tổ chức, tích chọn chi nhánh làm việc:

• Nhập thông tin mã số thuế tại Tab Thông tin in lên báo cáo, chứng từ. Nhấn Cất. Thông tin mã số thuế sẽ được ngầm định hiển thị khi người dùng thực hiện ký phát hành hóa đơn điện tử.
  

2. Thiết lập ký điện tử qua eSign:

• Vào phân hệ Hóa đơn điện tử\Thiết lập ký số:

• Nhập mã PIN trên màn hình Nhập mã xác thực ký số. Mã PIN được cấp khi eSign cấp tài nguyên. Bạn có thể thay đổi mã PIN qua ứng dụng eSign. Chương trình cho phép người dùng lựa chọn có cần  xác thực lại mã PIN cho mỗi lần ký điện tử hay không để nâng cao tính bảo mật.

• Chương trình hiển thị thông báo Đăng nhập dịch vụ chữ ký số điện tử MISA eSign thành công:

Lưu ý: Trường hợp thiết lập ký qua eSign:

• Thông tin mã số thuế: Ngầm định lấy lên MST của chi nhánh đang làm việc.
• Khi nhập thông tin tài khoản, mật khẩu và xác thực mã PIN thành công thì chương trình sẽ lưu lại thông tin kết nối theo người dùng và mã số thuế đó để đảm bảo nếu nhiều chi nhánh có cùng mã số thuế thì chỉ cần một người dùng kết nối trên 1 chi nhánh thì người dùng đó có thể ký số trên các chi nhánh khác có cùng mã số thuế.
• Tại giao diện Nhập mã xác thực ký số, nếu người dùng tích chọn Yêu cầu xác thực lại mã PIN trước khi ký thì khi phát hành, chương trình sẽ yêu cầu nhập lại mã PIN và ngược lại, nếu người dùng không tích chọn thì chương trình sẽ phát hành hóa đơn ngay mà không cần nhập mã PIN.
• Thực hiện tương tự với các chi nhánh khác theo các bước hướng dẫn ở trên: Chọn chi nhánh làm việc, nhập mã số thuế ngầm định lên danh mục cơ cấu tổ chức sau đó thiết lập ký điện tử qua eSign và thực hiện phát hành hóa đơn điện tử bình thường.