Khi công ty mua hàng hóa nhập khẩu thực hiện kê khai tờ khai hải quan và xác định số thuế nhập khẩu, thuế TTĐB, thuế BVMT, thuế GTGT hàng nhập khẩu đối với hàng nhập khẩu, khi tiến hành nộp thuế bằng tiền gửi, thực hiện như sau:

1. Căn cứ vào số thuế nhập khẩu, thuế TTĐB (nếu có), thuế BVMT (nếu có), thuế GTGT phải nộp do cơ quan Hải Quan xác định, nhân viên chịu trách nhiệm mua hàng nhập khẩu làm đề nghị chuyển khoản nộp thuế hàng nhập khẩu.
2. Kế toán thanh toán lập Giấy nộp tiền vào ngân sách, sau đó chuyển cho Kế toán trưởng và Giám đốc ký duyệt.
3. Ngân hàng căn cứ vào Giấy nộp tiền vào Ngân sách của công ty sẽ chuyển tiền vào tài khoản của cơ quan Thuế và lập giấy báo Nợ để báo lại cho đơn vị lệnh thành công.
4. Căn cứ vào Giấy báo Nợ của Ngân hàng, Kế toán thanh toán sẽ ghi sổ kế toán tiền gửi ngân hàng.
5. Kế toán thuế kê khai hoá đơn nhập khẩu lên bảng kê thuế GTGT mua vào. 

1. Vào phân hệ Ngân hàng, chọn Nộp thuế (hoặc vào tab Thu, chi tiền, nhấn Thêm\Nộp thuế).

2. Khai báo các thông tin nộp thuế:

• Tại mục Loại thuế: chọn Thuế GTGT hàng nhập khẩu.
• Khai báo ngày thực hiện nộp thuế và phương thức thanh toán tiền thuế. Chương trình sẽ lấy lên danh sách các chứng từ mua hàng nhập khẩu còn phải nộp thuế GTGT tính đến ngày nộp thuế.

3. Tích chọn chứng từ mua hàng muốn nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu.
4. Trường hợp số thuế thực nộp nhỏ hơn số thuế phải nộp của chứng từ, cần nhập lại số tiền thuế thực nộp vào cột Số nộp lần này.

5. Nhấn Nộp thuế, chương trình sẽ tự động sinh ra chứng từ Chi tiền gửi nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu.
6. Kiểm tra và khai báo bổ sung các thông tin của chứng từ.

7. Nhấn Cất.
Lưu ý: Có thể in được các mẫu chứng từ ủy nhiệm chi, lệnh chuyển tiền... theo đúng mẫu của ngân hàng, để chuyển cho các bộ phận liên quan ký duyệt và mang ra ngân hàng làm căn cứ chuyển tiền.